Dopo la rottura tra Tito e Stalin la volontà alleata di riavvicinare Italia e Jugoslavia si traduce in un cambio di orientamento del GMA. Fino a quel momento decisamente filo-italiano, il GMA comincia ora ad ostentare neutralità fra italiani e jugoslavi.
Per rendere più accettabile una prosecuzione della propria amministrazione (pur sempre un governo militare straniero), e soprattutto per rendere il governo italiano più arrendevole verso un accordo con la Jugoslavia, il GMA inizia anche a sostenere i gruppi indipendentisti.
Questo mutamento di indirizzo e l’aiuto agli indipendentisti finiscono ben presto a far percepire il GMA come ostile alle componenti filo-italiane.
Queste ultime, guidate dal sindaco di Trieste Gianni Bartoli, organizzano un’imponente manifestazione il 20 marzo 1952, quarto anniversario della “Nota Tripartita”, chiedendo il mantenimento della promessa anglo-franco-americana di restituire tutto il TLT all’Italia. Nell’occasione, il sequestro di una bandiera italiana da parte della polizia civile del GMA è la scintilla che fa scoppiare una serie di disordini durati giorni, con scontri tra manifestanti e polizia, decine di arresti, centinaia di feriti e l’attacco alla sede del Fronte dell’Indipendenza e a un club britannico.
Per tamponare la crisi Stati Uniti e Gran Bretagna aprono subito un negoziato con l’Italia sulla Zona A. Il governo italiano però rifiuta eccessive responsabilità nella Zona A per evitare di compromettere le sorti della Zona B, che la Jugoslavia potrebbe annettere per ritorsione.
Viene allora trovata una soluzione di compromesso, tale per cui la Zona A continua ad essere governata dagli anglo-americani tramite il GMA, all’interno del quale vengono però inseriti alcuni funzionari italiani in funzioni non apicali.
Sul piano diplomatico delle relazioni tra Roma e Belgrado permane invece lo stallo, e non resta che attendere le elezioni politiche italiane del giugno 1953, dopo le quali si vedrà quale dei due governi avrà maggiori capacità negoziali.